בגדול לכל מחלה יש היבט ספציפי אבל באופן כללי כל המחלות האלו קשורות לכשל וחוסר איזון של מערכת חיסון. מבחינה רוחנית זה אומר שכל כוחות ההגנה והשמירה של האדם מופנים כנגד עצמו. כלומר מתרחש תהליך בנפש שבמסגרתו האדם מזהה את עצמו או את כוחותיו כשליליים ואף מסוכנים. זה יכול להיות אפילו תכונות חיוביות וטובות כמו רצון לעמוד על שלו, רצון להציב גבולות, רצון לדבר ולשתף את עולמו הפנימי. יתכן שמתי שהוא במהלך חייו האדם למד שהעוצמות שלו הן שליליות ושאסור לו לבטא אותן. מחלות אוטואימוניות גם קשורות לקושי באבחנה בין טוב לרע, בין אמת לשקר או בין חיובי ושלילי. כלומר האדם נמצא בתחושת ספק מתמיד לגבי האמת. גם קשור לקושי להתחדש, ביקורת עצמית ושיפוטיות, תחושת חוסר הגנה, קושי לבטא את היחודיות, וחסימה בתחום של אהבה ללא תנאי.